Τα Σεπτεμβριανά του 55 στην Πόλη δεν ήταν κεραυνός εν αιθρία για το Οικουμενικό Πατριαρχείο. Μήνες πριν, οι ηγετικοί κύκλοι του Φαναρίου ελάμβαναν τα μηνύματα της όξυνσης της κατάστασης λόγω των εξελίξεων στο Κυπριακό ζήτημα και κυρίως την προσπάθεια των τουρκικών εφημερίδων να εμπλέξουν το Οικουμενικό Πατριαρχείο στην ελληνοτουρκική διαμάχη για τη Μεγαλόνησο. Κι όλα αυτά σε συνδυασμό με την έξαρση φαινομένων θρησκευτικού φανατισμού σε πολλές πόλεις της Τουρκίας. Η εκστρατεία που άρχισε την Άνοιξη κορυφώθηκε στις αρχές του καλοκαιριού. Στις 2 Ιουλίου 1955 η εφημερίδα «Tercuman» στο κύριο άρθρο της ζητά τελεσιγραφικά από τον Πατριάρχη Αθηναγόρα να ανακαλέσει στην τάξη και να «καταγγείλει δημόσια» τον αρχιεπίσκοπο Κύπρου Μακάριο ο οποίος, κατά τον αρθρογράφο, ήταν «ιεραρχικά υφιστάμενός του». Ο πατριάρχης ήταν ιδιαίτερα προσεκτικός στο θέμα της Κύπρου. Όχι μόνο δεν είχε εκκλησιαστική δικαιοδοσία για να «συνετίσει» τον Μακάριο, αλλά και σύμφωνα με τη Συνθήκη της Λωζάνης δεν μπορούσε να κάνει πολιτικές δηλώσεις.
Αθηναγόρας-Μακάριος
Έτσι παρά τις πιέσεις και τις κατηγορίες των τουρκικών εφημερίδων που τον εμφάνιζαν ως ενισχυτή της ΕΟΚΑ δεν μίλησε. Αυτό βέβαια δεν σημαίνει ότι συμφωνούσε με την πολιτική του Μακαρίου. «Δεν μπορώ να καταλάβω» έλεγε σε συνομιλητές που τον επισκέπτονταν στο Φανάρι και τον ρωτούσαν για τον Μακάριο, «αρχιεπίσκοπο που φοράει κουμπούρια και γίνεται αφορμή αφαιρέσεως του πολυτιμοτέρου αγαθού, της ζωής των ανθρώπων». Την ίδια στάση τήρησε ο Πατριάρχης και τα κατοπινά χρόνια. Είναι χαρακτηριστικό πως όταν ο Μακάριος εξελέγη πρόεδρος της Κυπριακής Δημοκρατίας κι επισκέφθηκε την Κωνσταντινούπολη, ο Αθηναγόρας δεν τον δέχθηκε στο Φανάρι .